Il corso del Nilo sarebbe stato deviato dagli antichi Egizi che, inoltre, avrebbero creato una diga-argine per proteggere Karnak dalle piene annuali del fiume. Questo è ciò che risulta dalla tesi di dottorato di Mansour Boraik, capo dell’Amministrazione Centrale delle Antichità del Medio Egitto, che ha studiato l’area esterna del complesso templare. Una struttura in pietra recentemente scavata, lunga 40 m, alta 7 e larga 3, risale al Nuovo Regno e potrebbe essere stata utilizzata come attracco per la zona sacra. A conferma di questa ipotesi, sono state ritrovate tracce di banchine e di muri su diversi livelli dove venivano trascinate le barche per lo scarico delle merci.
Effettivamente, studi geologici e geomorfologici del 1980 della NASA hanno rivelato che il corso del Nilo subì uno spostamento verso ovest tra il XXIV e il XV secolo a.C.
